feat(R06): workspace session snapshot, atomic persistence, history-dir race fix

EPIC R06 (Team Hoa) - workspace/filesystem isolation, no cross-project
mutable state.

R06-T01 domain/workspaces/workspace_session.py
  WorkspaceSession - project_id/workspace_root/sandbox_dir/allowed_paths
  frozen snapshot + is_allowed(path), same "capture once at submit time"
  shape as R04's ConversationExecutionRequest.

R06-T02 infrastructure/persistence/json/{atomic_write,workspace_repository_impl,conversation_repository_impl}.py
  Real bug fixed: core/projects.py::save_project and core/history.py's
  save_conversation/rename_conversation/set_pinned did a plain
  path.write_text(json.dumps(...)) - two syscalls, no atomicity. A crash
  between them leaves a half-written file that load_project/load_conversation
  then silently treat as "missing". All four now write through
  atomic_write.write_json (temp file + os.replace). WorkspaceRepository/
  ConversationRepository are thin object-shaped facades over the same
  (now-atomic) functions, for future application-layer callers.
  NOTE: atomic_write.py is deliberately NOT named atomic_json_file.py -
  R02-T01 (Team Nam) claims that filename for the same purpose app-wide;
  see the checklist for the consolidation TODO.

R06-T03 infrastructure/filesystem/execution_workspace.py
  ExecutionWorkspace names the output_dir/scratch_dir split that already
  exists (core/chat_agent.py's flat workspace_root/.scratch) - does not
  move anything.

R06-T04 ui/chat_panel.py
  The actual race: ChatPanel._persist_session (saves a BACKGROUND turn's
  conversation) resolved its save directory via a live
  self.ctx.config.history_dir() read at save time. ui/workspace_tab.py::
  _load_current mutates that same config field on every project switch, so
  a turn still running when the user switched projects got saved into the
  NEW project's history folder. Fixed by adding "home_history_dir" to the
  per-turn ctx dict (same "home_*" snapshot convention already used for
  session id/messages/title), captured at submit time. Verified with a real
  offscreen-Qt test, not just a unit double:
  tests/integration/test_history_dir_race.py.

R06-T05 application/workspaces/file_workspace_service.py
  FileWorkspaceService - the File Explorer / AI Editor entry point for the
  same safe read/write/edit operations the agent tool loop has, by calling
  core/tools.py::execute_tool directly (same dispatch, same ToolContext
  containment, same audit log) rather than reimplementing any of it.

New tests: tests/unit/test_workspace_session.py,
test_atomic_write_and_repositories.py, test_execution_workspace.py,
test_file_workspace_service.py, tests/integration/test_history_dir_race.py
(29 new tests, incl. 2 real offscreen-Qt integration tests).

Suite: 283 passed, 4 pre-existing failures unrelated to R05/R06 (see
checklist). check_imports: PASS. All new files < 400 LOC.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

docs/refactor/Refactoring_Checklist.md

@@ -57,22 +57,29 @@
 
 ---
 
-## 📊 TIẾN ĐỘ THỰC TẾ — TEAM HOA (cập nhật `2026-08-21 22:19`)
+## 📊 TIẾN ĐỘ THỰC TẾ — TEAM HOA (cập nhật `2026-08-21 22:57`)
 
 > [!NOTE]
-> ### ✅ ĐÃ HOÀN TẤT: 5/5 task của **R05** — branch `feature/teamhoa/r05-r06` (tạo từ `origin/feature/deltateam/refactor-plan`, có sẵn nền R01/R03/R04)
+> ### ✅ ĐÃ HOÀN TẤT: 10/10 task của **R05 + R06** — branch `feature/teamhoa/r05-r06` (tạo từ `origin/feature/deltateam/refactor-plan`, có sẵn nền R01/R03/R04)
 >
 > | EPIC | Task | Trạng thái |
 > | :--- | :--- | :--- |
 > | **R05** Tool, MCP & Connector Policy | T01 → T05 | ✅ 5/5 |
-> | **R06** Workspace, Filesystem & History Isolation | T01 → T05 | ⬜ chưa bắt đầu |
+> | **R06** Workspace, Filesystem & History Isolation | T01 → T05 | ✅ 5/5 |
 >
 > **Kiểm chứng (chạy thật):**
-> * `pytest tests/` ➔ **254 pass / 4 fail** (+12 test mới cho R05: `tests/unit/test_tool_registry_and_policy.py`, `test_code_agent_tool_policy.py`, `test_cowork_extra_tool_policy.py`, `test_mcp_source_manager.py`)
-> * 4 fail là **lỗi có sẵn từ trước R05**, không liên quan tool/MCP: 2 trong `test_config_security.py` (EPIC R02, đã ghi nhận bởi Team Duy) + 2 trong `test_routing_wiring.py` (môi trường máy này có Ollama/llama3.1 thật + config routing cục bộ khác "fresh install" — không phải do R05).
+> * `pytest tests/` ➔ **283 pass / 4 fail** (+41 test mới cho R05+R06, gồm 2 test Qt offscreen thật trong `tests/integration/test_history_dir_race.py`)
+> * 4 fail là **lỗi có sẵn từ trước**, không liên quan R05/R06: 2 trong `test_config_security.py` (EPIC R02, đã ghi nhận bởi Team Duy) + 2 trong `test_routing_wiring.py` (môi trường máy này có Ollama/llama3.1 thật + config routing cục bộ khác "fresh install").
 > * `python scripts/check_imports.py` ➔ **PASS** (0 Qt import trong `domain/`, `application/`)
 > * Mọi file mới **< 400 dòng** (lớn nhất: `domain/tools/tool_registry.py` 125 dòng). `core/tools.py` giảm từ 566 ➔ 291 dòng.
 >
+> ### 🔧 TÓM TẮT R06
+> * **R06-T01**: `domain/workspaces/workspace_session.py::WorkspaceSession` — snapshot bất biến (project_id, workspace_root, sandbox_dir, allowed_paths) + `is_allowed(path)`.
+> * **R06-T02**: `infrastructure/persistence/json/{workspace_repository_impl,conversation_repository_impl}.py` bọc `core/projects.py`/`core/history.py`. **Đã sửa bug thật**: `save_project`/`save_conversation`/`rename_conversation`/`set_pinned` trước đây `path.write_text()` không atomic (crash giữa lúc ghi = file JSON hỏng, `load_project`/`load_conversation` coi file hỏng như "không tồn tại" — mất project/hội thoại âm thầm). Giờ cả 4 hàm ghi qua `infrastructure/persistence/json/atomic_write.py::write_json` (temp file + `os.replace`). Có test giả lập crash giữa lúc ghi xác nhận file cũ không bị hỏng.
+> * **R06-T03**: `infrastructure/filesystem/execution_workspace.py::ExecutionWorkspace` — đặt tên cho quy ước `.scratch` đã có sẵn (không đổi vị trí file).
+> * **R06-T04**: Sửa race trong `ui/chat_panel.py` (không phải trực tiếp `_load_current`, xem "còn nợ" #2). `ChatPanel._persist_session` (lưu hội thoại của turn CHẠY NGẦM, không phải conversation đang xem) trước đây gọi `self.ctx.config.history_dir()` SỐNG tại thời điểm turn xong — nếu user đổi project khi turn còn chạy (`_load_current` ghi `config._project_history_dir`), turn nền lưu nhầm vào thư mục lịch sử của project MỚI. Fix: thêm `"home_history_dir"` vào dict `ctx` per-turn đã có sẵn (cùng quy ước với `home_id`/`home_messages`/`home_title`), chụp tại lúc submit. Test thật bằng Qt offscreen: `tests/integration/test_history_dir_race.py`.
+> * **R06-T05**: `application/workspaces/file_workspace_service.py::FileWorkspaceService` — cho File Explorer/AI Editor gọi `execute_tool` (list_dir/read_file/write_file/edit_file) giống agent, không tự viết lại logic.
+>
 > ### 🔧 TÓM TẮT R05
 > * **R05-T01/T02**: `core/tools.py`'s if/elif dispatcher tách thành `infrastructure/filesystem/{file_tools,command_tools,fetch_tools,tool_context}.py` + `domain/tools/{tool_descriptor,tool_registry}.py`. `core/tools.py` còn lại là shim strangler-fig (re-export `ToolContext`/`ToolError`, dispatch qua dict).
 > * **R05-T03**: `application/conversations/tool_policy_gateway.py::ToolPolicyGateway` — thay `if gate is not None and name in ("run_command","install_package")` (chat_agent.py) và `if name in (WRITE_TOOLS|MS365_WRITE_TOOLS)` (code_agent.py) bằng một lookup capability chung. Đã verify bằng test: đúng 2 tool cũ vẫn được gate, không tool nào khác bị ảnh hưởng.
@@ -80,8 +87,10 @@
 > * **R05-T05**: `infrastructure/mcp/mcp_source_manager.py::McpToolSourceManager` — tách lifecycle connection (cache/lock/start-or-skip) ra khỏi `state.py::AppContext` (trước đây inline trong `_mcp_connections`/`_conn_lock`). `AppContext` giờ chỉ gọi `self._mcp_manager.ensure/stop/stop_all`. `_ext_connections` (Connectors CAD/CAE/MS365/Other) KHÔNG thuộc phạm vi T05, vẫn giữ `_conn_lock` riêng như cũ.
 >
 > ### 📌 CÒN NỢ / CẦN QUYẾT ĐỊNH
-> 1. **Xung đột file với EPIC R02 (Team Nam)**: `docs/refactor/Refactoring_Checklist.md` dòng ~83 giao `infrastructure/persistence/json/atomic_json_file.py` cho Team Nam (R02-T01). R06-T02 (Team Hoa) cũng cần một helper ghi JSON atomic cho `WorkspaceRepository`/`ConversationRepository`. Để tránh 2 team cùng sửa 1 file, R06 sẽ dùng một helper atomic-write cục bộ trong `infrastructure/persistence/json/workspace_repository_impl.py`/`conversation_repository_impl.py` cho tới khi R02 xong, rồi hợp nhất vào `atomic_json_file.py` chung — **cần Team Nam xác nhận** khi họ bắt đầu R02-T01.
-> 2. Việc kế tiếp của Team Hoa là **R06** (Workspace, Filesystem & History Isolation).
+> 1. **Xung đột file với EPIC R02 (Team Nam)**: R02-T01 giao `infrastructure/persistence/json/atomic_json_file.py` cho Team Nam. R06-T02 cần atomic write NGAY (bug thật, không chờ được) nên đã tạo `infrastructure/persistence/json/atomic_write.py` — tên khác, cùng thư mục, không đụng file của Team Nam. `core/projects.py`/`core/history.py` đang dùng module này trực tiếp. **Cần Team Nam xác nhận khi bắt đầu R02-T01**: nên hợp nhất `atomic_write.py` vào `atomic_json_file.py` (Team Hoa đổi 4 import) hay giữ 2 module riêng (rủi ro trôi giữa 2 cách ghi atomic).
+> 2. **`WorkspaceRepository`/`ConversationRepository`/`FileWorkspaceService` chưa có nơi gọi thật** — giống tình trạng `ProviderRegistry` của Team Duy ở R03. Mọi call site sản xuất (`ui/workspace_tab.py`, `ui/folder_tab.py`, `state.py`, task executors) vẫn dùng trực tiếp `core/projects.py`/`core/history.py`/`core/tools.py::execute_tool` — các class mới là seam cho tầng application ở EPIC sau (R07/R08), chưa nối dây.
+> 3. **R06-T04 phạm vi thực tế khác một chút so với mô tả gốc**: bug không nằm ở `ui/workspace_tab.py::_load_current` (hàm đó chỉ *set* `config._project_history_dir`, không tự đọc lại nó) mà ở `ui/chat_panel.py::_persist_session` — nơi một turn chạy ngầm đọc SỐNG giá trị đó lúc turn xong. Đã sửa đúng điểm đọc, có test Qt offscreen thật (`tests/integration/test_history_dir_race.py`), nhưng chưa đổi kiến trúc `_load_current` như plan gốc gợi ý (dùng session id thay biến toàn cục) — việc đó cần tách `ChatPanel`/`WorkspaceTab` sâu hơn, thuộc phạm vi R08 (UI/Application Separation).
+> 4. R05/R06 xong toàn bộ — Team Hoa chờ chỉ đạo cho **R07** (Scheduling & Workflow Runtime, phối hợp Team Nam) hoặc merge/review trước khi tiếp tục.
 
 ---
 
@@ -180,16 +189,16 @@
 * **Team chịu trách nhiệm**: 🟢 **Team Hoa** (Chủ trì)
 * **Mục tiêu**: Xóa bỏ biến toàn cục `state.py::active_project_id`, đóng gói workspace per-turn thành `WorkspaceSession` bất biến, bảo vệ an toàn đường dẫn sandbox.
 
-- [ ] **R06-T01 (Team Hoa)**: Định nghĩa `WorkspaceSession` chứa snapshot project id, workspace root ➔ `domain/workspaces/workspace_session.py`  
-  *Start: `____-__-__ __:__` | End: `____-__-__ __:__`*
-- [ ] **R06-T02 (Team Hoa)**: Xây dựng `WorkspaceRepository` từ `core/projects.py` & `ConversationRepository` từ `core/history.py` ➔ `infrastructure/persistence/json/workspace_repository_impl.py`  
-  *Start: `____-__-__ __:__` | End: `____-__-__ __:__`*
-- [ ] **R06-T03 (Team Hoa)**: Xây dựng `ExecutionWorkspace` quản lý output/scratch files ➔ `infrastructure/filesystem/execution_workspace.py`  
-  *Start: `____-__-__ __:__` | End: `____-__-__ __:__`*
-- [ ] **R06-T04 (Team Hoa)**: Khắc phục race condition trong `ui/workspace_tab.py::_load_current`  
-  *Start: `____-__-__ __:__` | End: `____-__-__ __:__`*
-- [ ] **R06-T05 (Team Hoa)**: Xây dựng `FileWorkspaceService` xử lý thao tác file cho File Explorer và AI File Editor ➔ `application/workspaces/file_workspace_service.py`  
-  *Start: `____-__-__ __:__` | End: `____-__-__ __:__`*
+- [x] **R06-T01 (Team Hoa)**: Định nghĩa `WorkspaceSession` chứa snapshot project id, workspace root ➔ `domain/workspaces/workspace_session.py`  
+  *Start: `2026-08-21 22:19` | End: `2026-08-21 22:24`*
+- [x] **R06-T02 (Team Hoa)**: Xây dựng `WorkspaceRepository` từ `core/projects.py` & `ConversationRepository` từ `core/history.py` ➔ `infrastructure/persistence/json/workspace_repository_impl.py`  
+  *Start: `2026-08-21 22:24` | End: `2026-08-21 22:35`*
+- [x] **R06-T03 (Team Hoa)**: Xây dựng `ExecutionWorkspace` quản lý output/scratch files ➔ `infrastructure/filesystem/execution_workspace.py`  
+  *Start: `2026-08-21 22:35` | End: `2026-08-21 22:40`*
+- [x] **R06-T04 (Team Hoa)**: Khắc phục race condition trong `ui/workspace_tab.py::_load_current`  
+  *Start: `2026-08-21 22:40` | End: `2026-08-21 22:50`*
+- [x] **R06-T05 (Team Hoa)**: Xây dựng `FileWorkspaceService` xử lý thao tác file cho File Explorer và AI File Editor ➔ `application/workspaces/file_workspace_service.py`  
+  *Start: `2026-08-21 22:50` | End: `2026-08-21 22:57`*
 
 ---