docs(refactor): add the Team Hoa completion report for R05/R06

Mirrors docs/refactor/BaoCao_TeamDuy_R01_R03_R04.md's structure: per-EPIC
results, test evidence, the two real bugs found and fixed, secondary
improvements, open items needing another team's sign-off, untested scope,
and what's next.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

docs/refactor/Refactoring_Checklist.md

@@ -73,6 +73,9 @@
 > * `python scripts/check_imports.py` ➔ **PASS** (0 Qt import trong `domain/`, `application/`)
 > * Mọi file mới **< 400 dòng** (lớn nhất: `domain/tools/tool_registry.py` 125 dòng). `core/tools.py` giảm từ 566 ➔ 291 dòng.
 >
+> ### 📄 BÁO CÁO CHI TIẾT
+> Xem `docs/refactor/BaoCao_TeamHoa_R05_R06.md` — kết quả từng EPIC, bằng chứng kiểm thử, 2 lỗi thật đã phát hiện (permission gate bị bỏ qua cho MCP tools, race condition lưu nhầm lịch sử), và phạm vi **chưa** kiểm thử.
+>
 > ### 🔧 TÓM TẮT R06
 > * **R06-T01**: `domain/workspaces/workspace_session.py::WorkspaceSession` — snapshot bất biến (project_id, workspace_root, sandbox_dir, allowed_paths) + `is_allowed(path)`.
 > * **R06-T02**: `infrastructure/persistence/json/{workspace_repository_impl,conversation_repository_impl}.py` bọc `core/projects.py`/`core/history.py`. **Đã sửa bug thật**: `save_project`/`save_conversation`/`rename_conversation`/`set_pinned` trước đây `path.write_text()` không atomic (crash giữa lúc ghi = file JSON hỏng, `load_project`/`load_conversation` coi file hỏng như "không tồn tại" — mất project/hội thoại âm thầm). Giờ cả 4 hàm ghi qua `infrastructure/persistence/json/atomic_write.py::write_json` (temp file + `os.replace`). Có test giả lập crash giữa lúc ghi xác nhận file cũ không bị hỏng.