docs: align all documentation with the new repo structure

Update agent protocols (.claude/agents, .github/agents), guides, runbooks and READMEs
to the post-restructure layout: .specify/{scripts,tests,security,config,templates,
governance,memory,level5-config} -> packages/casan-harness/...; docs/input +
golden-runs + traceability-map -> apps/okr/domain/...; drop AINative_OKR_CASAN5/ prefix.
Runtime-state paths (.specify/logs, .specify/agentops, .specify/level5/central-governance)
kept as-is. Historical evidence under docs/output/ left untouched (immutable run records).

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

.claude/agents/protocols/tool-registry-policy.md

@@ -7,7 +7,7 @@ Giao thức này quy định danh sách trắng các công cụ và câu lệnh
 ### A. Boss Orchestrator (okr.bossbuiltin)
 Được phép điều phối và chạy toàn bộ các chuỗi công cụ chuẩn bị và kiểm thử:
 - `Read`, `Write`, `Edit`, `Glob`, `Grep` (IDE Tools)
-- Các script hỗ trợ: `.specify/scripts/bash/casan-harness.sh`, `security-check.sh`, `governance-check.sh`, `agent-metrics.sh`
+- Các script hỗ trợ: `packages/casan-harness/scripts/bash/casan-harness.sh`, `security-check.sh`, `governance-check.sh`, `agent-metrics.sh`
 - CLI Commands: `npm install`, `npm run build`, `npm run start:dev`, `docker compose`
 
 ### B. Special Design/Specification Agents (srs, bd, specify, plan, dd, tasks)